Az Interreg Európa tisztában van azokkal a nehézségekkel, amelyekkel a projektek a Covid-19 megelőző intézkedései miatt szembesülnek. A legtöbb kedvezményezettnek alkalmazkodnia kellett a munkatervek módosításával és a tevékenységek átütemezésével. Ennek következményei lesznek a projektek végrehajtására és a jelentéstételre. Ezért az Interreg Európa számos intézkedést hozott a segítségnyújtás érdekében.